随着中国市场化的深入开展，政府日益意识到行业协会与商会的重要作用和独立发挥职能的重要性。但这既需要体制内生成的行业协会与商会改制脱钩，也需要更多体制外生成的、自下而上自组织的行业协会与商会的出现。但是，在体制刚性状态下，这一转型过程将是漫长的。
2013年十八届三中全会提出了“政社分开”的制度要求，国务院于同年提出2015年落实这一决定，同时还决定引入“一业多会”打破“一业一会”的垄断，并不再要求新的行业协会与商会的注册登记有“业务主管单位”。而且，正如上文所述，2014年十八届四中全会则更是提出加快包括行业协会和商会在内的社会组织的立法和促进其发挥职能与作用的具体要求。
迄今为止，中国的行业协会与商会随着市场的发育与政府职能的转变而得到了较大的发展，在成员服务，行业管理，行业自律，承接政府委托与政府转移职能等方面逐渐发挥重要的作用。但中国的行业协会与商会治理、运行与发展仍然仍然受到上述体制问题的困扰。
比如，中国的行业协会和商会在发挥职能与作用方面总体上还存在较多问题。它们在涉及经济治理方面的功能较少，例如制定技术标准、进行产品认证、行业自律与准入、参与国际标准制定、解决国际诉讼、参与政府决策等。现有行业协会和商会在代表和维护成员企业利益的基本服务和增值服务相对较弱，满足成员服务需求的能力有限，主要的职能作用还集中于初级的互益服务层次，同时，对成员企业提供的服务一般化，往往随大流、没有特色，缺乏针对性、及时性、系统性、持续性和前瞻性。很多企业参加了多个行业协会与商会组织，所得到的基本服务往往雷同，导致一些会员企业对过多的活动邀请存有抵制心理。此外，部分行业协会与商会组织甚至利用与政府关系的这种特殊地位，向成员企业收取各种不当费用，比如（评比费等等），这些都影响到组织的绩效。
又如，行业协会和商会还总体上存在较大的内部治理问题。目前行业协会与商会组织虽然在形式上一般具备民主选举、民主决策、民主管理与民主监督机制，但是其中多数还难以像阿拉善生态协会那样真正落实这“四大民主”，多少存在“内部人控制”问题。社会组织的职能和作用的发挥主要取决于会长的个人动员能力和会长及其管理团队的能力。随着很多行业协会与商会的会长人选发生变化，秘书长人选也往往跟着新任会长的个人喜好而发生变化，这也与缺乏民主治理的文化与制度有关。再次，部分行业协会与商会的运行与资金来源依赖于一家有实力的企业，虽然没有缺乏资金、办公场所与工作人员配备之虞，但是行业协会与商会容易失去独立性和代表性，难以代表其他成员的利益。以上这些因素都降低成员企业参与的积极性和组织职能作用的发挥。
体制问题和内部治理问题导致很多行业协会与商会的作用力和影响力不够，进而影响成员企业对参与行业协会与商会的积极性，也使得其资金来源不足，尤其是会员费和捐助资金不足。这又使得其内部工作人员的工作班子待遇较低，缺乏工作积极性。由此形成一种恶性循环。
因此，行业协会与商会的改革与政府职能的转变，必须同时进行。
首先，整个改革需要从强化行业协会与商会的自主性、独立性与法律地位上的平等性角度来解决影响行业协会和商会活力不足的体制问题，要真正推进政府转型，包括事业单位的改革，使得适合于行业协会与商会履行的职能能够真正从政府和事业单位剥离，转移给行业协会与商会。
第二，应加快行业协会与商会立法，以法律高度保障其职能与作用的发挥。
第三，有必要促进行业协会与商会完善其内部治理机制，要求其根据其章程去治理与运行，政府和社会各界根据其章程对其运行进行外部监督。可以采取政府购买服务的方式，鼓励一些独立的、有专长的培训机构对行业协会与商会提供内部治理培训，使得行业协会和商会能够根据章程严格推行“民主选举、民主决策、民主管理与民主监督”。这种内部治理机制的完善也有助于行业协会和商会承接政府转移的职能。
第四，还需要加快改革自上而下建立或由政府转制而来的体制内生成型行业协会或商会。其关键在于这些行业协会和商会在行政职能、人员管理、财务资产、党建、外事管理服务等方面要限期与政府脱离关系，自担责任。但是，根据笔者的调查，在多数地区，很难在预定的2015年底之前真正实现政社脱钩，最多能够做到形式上的脱钩。而且这种局面会持续很长时间。因此，对一些难以转型的体制内生成型行业协会与商会以及这么多相当于政府部门的个私协会，应实行限期退出。
第五，应同时应加速引入由民营企业自下而上自行组织的体制外生成型行业协会与商会，鼓励个私企业自下而上组建新的个私协会及其联合会，以填补体制内生型行业协会与商会和全体个私协会的退出造成的社会组织缺位，促进行业协会与商会的开放竞争。
总而言之，社会治理的生长与政府干预的减少是一个此消彼长的过程，行业协会和商会组织的改革，与中国政府转型是否成功息息相关。
