然而，我国商会组织目前总体上仍处在初级阶段，不同行业、不同地区之间差别很大，商会在发展过程中，也存在诸多缺陷和问题，严重制约着商会功能的发挥。商会所存在的问题主要表现在以下几方面：
一、商会官办色彩浓厚，运作不规范
随着市场经济的发展，政府对商会的干预在逐步减少，商会作为纯民间的自治组织、自律性的社团法人，不应承担属于政府才能承担的职能。
但由于历史的原因，有的商会、行业协会是由政府主管部门脱胎转制而来的，具有浓厚的官办色彩，对自己在新的条件下行使应行使职能，作用意识尚不到位，或因机构改革，相关法律体系尚未健全，导致了有职无权，权与利不分和越权越位的局面。
有的政府主管部门往往把商会、行业协会看成是其专门机构或附属组织，企业则认为它们是政府主管部门的代表。这样既削弱了商会对企业的吸引力，也使得商会无法摆脱不合理的干预。
二、商会设立标准不统一，发展不平衡
商会作为民间性的团体法人，应严格依照有关法律法规的要求和标准设立。然而，目前我国商会的设立与分布没有统一的标准和要求，既有按照所有制性质划分的，也有按照行业划分的，既有全国性的，也有区域性的。
许多行业商会，是从部门管理转向行业管理过程中直接在原有部门框架上换牌而来进行管理的，各部门组建行业商会时，导致行业商会设置由于缺乏统一的设立与分布标准，势必造成重复设立，职能交叉等问题，行业活动不能很好开展，行业商会权威受到损害，反而增加了工商企业的负担。
此外，各地商会组织发展也不平衡，有的地方商会发展较快，而不少地方或者没有组建商会，或者已有的商会名不副实，商会的职能和作用难以得到发挥。
三、商会管理监督不力，机制不健全
在市场经济条件下，政府对商会的管理一般不是直接管理，而是通过政策引导和必要的行政措施实施间接管理，商会依法自我约束、自我发展、自我完善。
一方面，对商会的管理上存在空档。一些地方政府至今没有明确分工领导主管这项工作，也没有一个统一的管理、协调部门，结果是有利的各方插手，无利的大家甩手，甚至出现互相扯皮的现象。
另一方面，商会不仅缺乏经济、法律和行政的调节手段，加之我国商会起步晚，商会的相关政策、法律、法规不完善，有些行业管理跨度大、难度高，政府职能尚在转换之中，新旧体制下各自形成的思维方式和管理手段都在同时起作用。在这种状况下，商会难以通过经济的、法律的和行政的手段来实施有效的行业管理，使一些行业自律的运行机制无法真正形成，商会在实践中的作用发挥不好，有的几乎成为摆设。
四、商会组织缺乏必要的职能，服务不得力
由于商会为经济服务只局限在务虚、协调关系、配合等方面，缺少经济服务必要的职能和手段，政府应赋予的服务职能没有赋予，工作职能不明确，缺乏应有的权利。
作为工商经济界人士的代表团体，在参与各级党委和政府重大方针政策、重大经济和社会决策的协商，特别是经济政策的制定执行、民主监督等方面，地位不突出；政府职能部门在组织开展涉及非公有制经济等活动中，商会参与程度较低。
在具体操作过程中，往往导致功能不明，职权不清，造成效果不明显以致无所适从的状况，有的商会甚至是空有其名，无法取得广大工商业者的信赖和支持，商会越来越感到职能和手段缺乏，这严重制约了商会作用的进一步发挥。
为加快商会的建设和发展，充分发挥其重要的功能。目前，迫切需要探索一条在思路上创新、在结构上调整、在功能上完善、在服务上加强的新路子，吸取经验教训和参照国外商会的先进经验，制定符合社会主义市场经济体制的商会运作机制。那应对、解决问题的方向有：
1、加强法制建设，增强商会的权威性
商会的地位和作用在社会主义市场经济中仅次于政府。政府应对商会起到指导和规范作用，商会则是政府实施宏观管理的参谋、媒介、助手和监督者、服务者。
作为活跃在市场经济中的商会工作，要具有社会权威性，就必须有法律的保障和规范。商会活动必须拥有法的依据，得到法的保护，以法的权威性理顺方方面面的关系，推动商会活动的开展。
要使商会能够发挥其应有的职能和作用，不可能只依靠地方党政领导的开明和重视来解决，不可能靠与其它部门抢跑道、争职权，必须通过立法的形式来解决。依法开展商会活动，这是社会主义市场经济立法工作中一件刻不容缓的大事。
2、理顺工作关系，突出商会的代表性
商会履行各项职能，需要政府各有关部门的合作和支持，必须理顺同各有关部门的关系。当前，应建立党政统一领导的协调机构，从上到下、从点到面理顺关系，明确各自工作重点，划清职能范围，按照政权分开的原则开展工作。围绕地方政府工作重点，着力打造覆盖面广、联系点多、代表性强、交往频繁，能够充分发挥作用、体现价值的商会。
3、健全运作机制，强化民间商会的规范性
随着社会主义市场经济体制的逐步建立，在此基础上，建立起来的商会组织必须与之同步，关键在于统一规范化。
第一、在工作方式上要与国际商会逐步接轨。要真正转化成为名副其实的商会，必须逐步加强民间性、经济性和独立自主性。
第二、在组织建设上要形成规范化的运作方式。要借鉴国外商会的成功经验，重点办好几个综合性商会，以此为龙头，影响和带动其它行业协会和同业商会，形成真正的以商会为主体的全方位、多层次的商会运作机制。
第三、在自身建设上要加强自律观念。要进一步健全商会运作的规范性，制订一套统一、高效、可行的规章制度，严格照章办事，以统一的自律机制和规章制度协调自己的行动，形成一种良性运作模式。要强化独立自主、自我约束、自我管理和服务意识，明确自己作为市场中介组织的职能与作用，以此赢得广大会员的信赖和支持，形成与政府及其有关部门良好的互动关系，成为沟通政府与工商业者密切联系的桥梁和纽带。
4、拓展工作职能，体现商会的服务性
根据形势发展的需要，商会的工作对象和范围要适当扩展，逐步形成包括政策服务、中介服务、商务服务、管理服务、法律服务、决策服务等各项内容的商会服务工作体系。
按照市场经济规律，行业管理特别是以中小企业为主的行业管理，不宜以所有制形式划分，更不可能都由政府出面来做，应在做好非公有制经济工作的同时，逐步把各类所有制企业纳入商会工作范围。
商会组织要发挥更大的作用，就要按市场经济的规律和要求，参照国内外一些好的做法，由政府赋予这些组织一定的职权。这样才能进一步加大商会的工作力度和深度，推动非公有制经济健康发展。
5、积极引导教育，加强商会的指导性
各级党委、政府要审时度势，放眼长远，及时将这一群体置于自己的视野之下，既要把商会组织置于党的视野之下，又要防止涂上浓厚的官办色彩，从舆论上、政策上继续支持办好商会组织，因势利导地把他们的群体意识和行动纳入有序的轨道。
要按照建立社会主义市场经济的要求顺应我国经济将更具开放性的发展趋势，借鉴商会组织发达的国家和地区的先进经验，加强对商会的领导，把商会工作纳入政府工作的议事日程，特别是在涉及非公有制经济领域发展问题时，要通过工商联给商会布置任务，下达工作目标，及时检查落实情况，使商会真正成为党和政府联系非公有制经济人士的桥梁和纽带，成为政府管理非公有制经济的助手。
来源：游金地网站《整合商会资源，做强商会经济》、无锡市总商会《商会建立的意义和作用》
